В НГК сложилось три основных направления сотрудничества с японскими музыкантами: исполнение японской вокальной камерной музыки, исполнительство на кото и научное исследование различных сторон японской музыки. В большой мере развитию творческих связей русских и японских музыкантов способствовало создание в 1992г. Новосибирского Городского центра японской музыкальной культуры.

В Новосибирске только за прошедшие пять лет состоялось 54 концерта японской и русской музыки, программа которых была подготовлена и осуществлена силами консерваторских музыкантов и их японских коллег. Студенты и выпускники НГК многократно и с огромным успехом выступали в различных городах Японии.

В последние годы особенно активно ведется лекторская работа, подразумевающая разработку лекционных курсов по истории японской музыкальной культуры, предназначенных как для студентов консерватории, так и для широкой аудитории.

Профессора НГК преподают российским и японским студентам в Новосибирске и Саппоро шедевры классики русской и японской музыки.

В музыкальном лицее НГК им.М.И.Глинки в настоящее время учатся три японские школьницы.

В Новосибирске активно развивается школа игры на кото - традиционном японском цитрообразном инструменте.

В НГК сложилась научная школа музыкальной японистики. Преподавателями и студентами кафедры этномузыкознания разрабатываются различные теоретические проблемы традиционной и композиторской японской музыки. Сотрудники консерватории неоднократно выезжали в Японию в целях научной стажировки.